Hodorkovskega sumijo davčnih utaj, kraje družbenega premoženja in večkratnih goljufij, afera pa je dobila tudi mednarodne razsežnosti, saj je Washington mnenja, da gre za politično motivirano aretacijo, kar pa v Kremlju zanikajo.
Kot so sporočili iz podjetja, je Hodorkovski dejal, da s svojo potezo želi obvarovati družbo, poleg tega pa so ga nedavni dogodki prisilili, da se preneha ukvarjati z razvojem Jukosa, katerega je želel razširiti v mednarodno podjetje.
Zaradi aretacije padle delnice Jukosa
Aretacija Hodorovskega je povzročila močan padec tečajev delnic na ruskih borzah in negotovost glede napovedanega gospodarskega okrevanja Rusije. Rusko gospodarstvo je po finančni krizi leta 1998 konstantno raslo, cvetelo pa je tudi borzno dogajanje. Sodna preiskava delovanja vodilnih mož Jukosa pa je v zadnjih štirih mesecih krepko omajala zaupanje vlagateljev; vrednostni papirji so se v povprečju pocenili za 15 odstotkov.
Pad vrednostnih papirjev pa med drugim zaskrbljuje tudi ekonomske analitike, saj lahko padec vrednosti delnic negativno vpliva na razvoj ruskega gospodarstva. Ruski finančni minister Aleksej Kudrin je prepričan, da bo finančni trg po koncu afere Jukos okreval.