Watson, ki je bil od leta 1982 zadolžen za boj proti terorizmu, je nadziral obsežno preiskavo po terorističnih napadih 11. septembra lani, poleg tega pa je bil odgovoren tudi za preiskavo v zvezi s pošiljanjem pisem s sporami antraksa.
Watson je 16. julija med svojimi agenti sprožil polemiko z izjavo, da bin Ladna verjetno več ni na tem svetu, da pa za to nima dokaz. Njegova izjava je bila popolnoma v nasprotju z izjavami drugih predstavnikov FBI, ki so trdili, da je Osama bin Laden verjetno še živ. Medtem tudi ti ne izključujejo več, da bi lahko bin Laden umrl med ameriškim bombardiranjem Afganistana. Watson je poleg tega še izjavil, da je prepričan, da ZDA v prihodnosti grozi nov teroristični napad.
Watsona, ki bo posle dokončno predal čez mesec dni, naj bi zamenjal Bruce Gebhardt, dosedanji vodja boja proti organiziranemu kriminalu, drogam in internetnemu kriminalu.
