"Komisija premalo upošteva okolje pri sprejemanju odločitev glede ravnanja z odpadki in pri transportni politiki", se pritožujejo naravovarstvena združenja, med njimi tudi Greenpeace, World Wide Fund For Nature WWF in Prijatelji zemlje (Friends of Earth). Bruselj kaže za okoljsko politiko premalo zanimanja, področje pa prepogosto prepušča industriji in prostovoljnemu urejanju, so bili po poročanju nemške tiskovne agencije dpa še kritični okoljevarstveniki.
Vidne uspehe je bruseljska ekipa po mnenju ekoloških organizacij, imenovanih tudi "Zelenih 8" (Green 8), dosegla le na štirih področjih: v kmetijstvu, ribištvu, pri širitvi EU in pri zavzemanju za sprejem Kjotskega protokola o zmanjševanju emisij toplogrednih plinov.
Tudi z delom evropske komisarke za okolje Margot Wallstroem zeleni niso povsem zadovoljni. Očitajo ji premalo zavzemanja za varovanje okolja, a hkrati priznavajo, da je veliko dosegla pri sprejemanju Kjotskega protokola in na področju jedrske politike. Komisarka je sicer skupaj z evropskim komisarjem za kmetijstvo in ribištvo Franzom Fischlerjem prejela najvišjo oceno za polletno delo med člani Evropske komisije, medtem ko se je na repu lestvice znašla evropska komisarka za energijo in transport Loyola de Palacio, ki so jo okoljevarstveniki poimenovali celo "zaviralka okoljskih interesov".
Bruselj je s strani naravovarstvenikov prejel najostrejše kritike na področju ravnanja z odpadki. Komisija sprejema nove in nove predloge za sežiganje odpadkov, medtem ko je prvotni cilj - zmanjšanje količine odpadkov - ostal nedosežen, opozarjajo. Ekološko sprejemljive predloge pa kljub mnogim pobudam naravovarstveniki pogrešajo tudi na področju transportne politike.
