Po identifikaciji 19-ih ugrabiteljev in rekonstrukcijah njihovih potovanj ter nenavadnih srečanj so lahko obveščevalne službe po vsem svetu ugotovile le, da bi si morale intenzivneje izmenjavati podatke. Vendar pa napadalci nikoli niso dajali neposrednega povoda za aretacijo, kar je logičen pogoj za uspeh zapletene akcije. Natanko to od svojih privržencev v posebnih navodilih zahteva mednarodna teroristična organizacija Al Kaida.
Prvi izvod navodil so Američani v začetku letošnjega leta našli pri prejšnji teden v New Yorku na dosmrtni zapor obsojeni četverici, ki je posredno sodelovala v bombnih atentatih na ameriški veleposlaništvi v Keniji in Tanizaniji pred tremi leti. Napadalci na WTC in Pentagon so ukaze prebirali iz podobnega priročnika, policija ga je našla dan po napadu v najetem avtomobilu, parkiranem na bostonskem letališču.
Alahovi borci so si priskrbeli odlične lažne dokumente, prepričljivi so bili v večih identitetah, za katerimi so se skrivali, in z ničemur niso izstopali. Nihče izmed devetnajsterice ni imel videza tipičnega Arabca, bili so kratko ostriženi in gladko obriti, v zahodnih oblačilih, prebivali so v motelih, plačevali s kreditnimi karticami in nakupovali po supermarketih. Predvsem pa so vsi obiskovali šole za inštruktorje letenja.
Preiskovalci domnevajo, da naj bi bil njihov tehnični in duhovni vodja morda celo avtor ideje, 31-letni Egipčan Mohamed Ata, ki je odraščal v izobraženi posvetni kairski družini, na začudenje domačih pa je pri 13-ih postal močno veren. Leta 1996 je v Hamburgu začel študirati urbanizem, dve leti zatem je izginil. Po 15-ih mesecih se je vrnil in konec leta 1999 začel priprave na teroristični napad. Nemški in ameriški agentje so prepričani, da je vmesni čas preživel v Afganistanu na urjenju v bin Ladnovih oporiščih, saj je po vrnitvi prijavil izgubo potnega lista, kjer bi ga ta opomba skoraj gotovo izdala. Maja 2000 je pridobil vizo za večkratno potovanje v ZDA. Junija se je odpeljal v Prago, kjer se je, kot navajajo češki obveščevalci, srečal z agentom iraške tajne službe. Tam je ostal 24 ur, nato pa odpotoval v ZDA. Med pristankom je prvič videl stolpa dvojčka. V juliju se je vpisal v letalsko šolo Huffman na Floridi. Plačal je s čekom za 25.000 dolarjev. Inštruktorji pravijo, da je bil aroganten, toda dober učenec.
V nadaljevanju poletja je v Ameriko prišlo še pet bodočih kamikaz, decembra pa je Ata, kot prvi med njimi, pridobil dovoljenje za pilota. Takoj po novem letu je Ata odletel v Madrid, vendar ga Španci takrat še niso opazovali, zato so njegove aktivnosti ob prvem obisku Evrope velika neznanka. Februarja si je na Floridi ogledoval letala za škropljenje polj, ki so bila naprodaj, v neki banki pa se je zanimal celo za posojilo. Marca se je ponovno vrnil v Evropo, nemški preiskovalci so ga opazili v Hamburgu, nato odide še v Prago na ponoven sestanek z iraškimi obveščevalci. Vso pomlad 2001 iz Stare celine prihajajo ugrabitelji, skupaj po dva ali trije. Zadnja dva priletita 29. junija, dobra dva meseca pred dejanjem. Isti dan gre Ata v Las Vegas, verjetno na sestanek s prvo skupino, ki je v ZDA prišla pred letom dni. 8. julija je Ata odpotoval v Madrid, kjer najame avto, nato se sled izgubi. Po tednu dni ga opazijo v Kataloniji, v Taragoni v zaporu obišče Alžirca, ponarejevalca dokumentov. 16. julija se nastani v letovišču Salvo, kjer se sreča z dvema Arabcema, kasneje osumljenima priprave napada na ameriško veleposlaništvo v Parizu. Ta srečanja povzročajo ugibanja ali je bil Ata posrednik ukazov tudi za cilje v Evropi.
12. avgusta se vrne v Las Vegas, kjer se je verjetno sreča z drugo, zadnjo skupino teroristov. Štiri dni pred napadom je v baru Hollywood v Miamiju pil vodko in z enim od dveh sonapadalcev, ki sta mu sledila že iz Hamburga, razpravljal, kako je biti pilot civilnega letala.
Za napad na WTC in Pentagon obstajajo še posredni dokazi, ki jih agenti niso uspeli smiselno povezati. Na palestinskih ozemljih so v Afganistanu izurjeni povratniki že lani razširili govorice, da se pripravlja nekaj res velikega, egiptovska tajna služba razkrije priprave na atentat na osem šefov držav na julijskem vrhe G-8 v Genovi, izvedli naj bi ga z letalom, avgusta pa se afriški Arabec v Minnesoti želi naučiti pilotiranja, vendar ga vzlet in pristanek ne zanimata. To so samo trije od številnih namigov, preiskovalcem pa se pred 11. septembrom nobeden ni zdel dovolj sumljiv za resno analizo.