Med drugim je Prodi menil, da bo večja stopnja učinkovitosti in odgovornosti v bodoči komisiji v veliki meri odvisna od sposobnosti za zmanjšanje ''sivih omočij'', ki zmanjšujejo transparentnost odgovornosti in delovanja članov komisije. Prodi se je zavzel tudi za reformo pristojnosti znotraj Evropske komisije. Tako naj bi podpredsednik usklajeval strateška območja delovanja komisije, oblikovali pa naj bi tudi nove oddelke.
Prodi se je v Strasbourgu zavzel, da bi po končanih spopadih v ZRJ pripravili mednarodno konferenco o Balkanu. Prodi, ki je pred Evropskim parlamentom predstavil program bodoče komisije, je dodal, da je potrebno za vse konflikte na območju nekdanje Jugoslavije najti rešitev v širšem in enotnem okviru, ki bi prispevala k trajni stabilizaciji celotnega območja v okviru Evrope.
