Ladja se je oddaljila na varno razdaljo nekaj kilometrov od Mira in bo odslej letela samostojno. Ločitev je bila potrebna zato, da se bo v soboto lahko združila z Mirom vesoljska ladja Sojuz TM-28 s tremi kozmonavti.
Progres M-39 so izstrelili 15. maja, dva dni kasneje pa se je združil z Mirom. Današnja ločitev je nekoliko neobičajna. Prej so ločitve opravljali po izstrelitvi nove ladje.