Po naštevanju uspešnih korakov v evropskem povezovanju, Santer sicer ni mogel mimo dejstva, da je v času njegovega vodenja bruseljske ekipe v Evropski komisiji prišlo do največje krize v njeni zgodivini. Kot je znano, je na vztrajanje Evropskega parlamenta skupina neodvisnih izvedencev izvedla preiskavo glede finančnih zlorab in drugih nepravilnosti v Bruslju, po objavi izredno kritičnega poročila pa je vseh 20 komisarjev s predsednikom Santerjem na čelu marca odstopilo. Santer je danes priznal, da je komisija podcenila Evropski parlament in se prepozno lotila popravljanja zagrešenih ''strateških napak''.
Santer je bil na nedavnih volitvah za evropski parlament izvoljen za poslanca, kot predstavnik Luxemburga pa bo svoj sedež zasedel 20. julija, ko bo evropski parlament tudi prvič zasedal v novi postavi.