Z njegovo odločitvijo se še poglablja spor med Vatikanom in izraelsko vlado. Jeruzalemski časnik Maariv ob tem navaja izjavo tiskovnega predstavnika Vatikana, ki je dejal, da se samo v diktaturah civilne oblasti do te mere vmešavajo v kadrovske zadeve Svetega sedeža.
Sveti sedež je za novega škofa imenoval Palestinca Butrosa Muallema, ki je več let deloval v Braziliji. Netanjahu imenovanju nasprotuje, ker naj bi bil novoimenovani škof zagovornik skrajnih protiizraelskih stališč med Palestinci in arabskimi kristjani v Izraelu. Namesto njega se Netanjahu zavzema za imenovanje Emila Šufanija, izraelskega Arabca iz Nazareta, ''človeka, ki je z ljubeznijo povezan z Izraelom'', kot ga je označil časnik Jediot Ahronot.