Sonda je kartografirala Lunino površino in zaznala na njej vodik. Veliko astronomov je menilo, da je vodik del vode, točneje ledu, ki naj bi se ohranil na dnu Luninih kraterjev. Zato so se odločili usmeriti Lunar Prospector na dno enega od takšnih kraterjev, da bi nato s pomočjo močnih teleskopov v oblačku, ki bi nastal po trku, našli sledi vodne pare. Sonda je svoj polet 31. julija letos zaključila na dnu kraterja blizu južnega tečaja Lune. Več kot deset teleskopov na Zemlji in dva teleskopa v vesolju so opazovali kraj trčenja. Astronomi so domnevali, da bodo v ultravijoličnem delu spektra oblačka našli sledi vodne pare, vendar se to ni zgodilo, tako da niso našli nikakršnih dokazov za obstoj vode na Luni.
Na konferenci so povedali, da je za neuspeh možno več vzrokov; in sicer sonda morda ni zadela cilja, ampak je padla na suha in kamnita tla. V izbranem kraterju morda ni bilo vode, prej odkriti vodik pa je bil na Luni v čisti obliki in ne kot del vode; ali pa, da se oblak prahu ni dvignil više od sten kraterja in ga niso mogli opaziti. Kot četrto omenjajo možnost, da so bili vsi teleskopi naravnani napačno. Iskanje vode na Luni se bo ob prvi naslednji priložnosti nadaljevalo, pri tem pa bodo upoštevali možnost navedenih napak.
