Prodi je v zaprisegi poudaril, da se z imenovanjem za predsednika Evropske komisije slovesno obvezuje, da bo opravljal svoje naloge neodvisno in v splošnem interesu EU: da se ne bo ravnal po navodilih posameznih vlad ali združenj ter da se bo vzdržal vsakršnega dejanja, ki ne bodo v skladu z njegovimi nalogami.
Pojavljajo pa se vprašanja o zakonitem delovanju Prodijevih sodelavcev v preteklosti.