Rupnikove slike s svetopisemsko tematiko so bile še pretekli konec tedna dostopne na vatikanskih spletnih straneh kot ilustracije za liturgični koledar dogodkov. Od takrat pa so jih brez obveščanja javnosti nadomestili z drugimi umetniškimi deli.
Več kritikov Rupnika se je zavzemalo za odstranitev njegovih del, med njimi vodja papeške komisije za zaščito otrok, kardinal Sean O'Malley, ki kot razlog navaja pastoralno modrost in skrb za prizadete.
Papež Leon XIV. je ravno prejšnji teden sprejel O'Malleyja. Nekaj dni pozneje so Rupnikove slike izginile z vatikanske spletne strani.
Rupnikove umetnine so še vedno prisotne v številnih cerkvah po svetu in večkrat se je že odprla razprava o njihovi odstranitvi. Ponekod so jih po razkritju obtožb že odstranili oz. zakrili. Nasprotniki njihove odstranitve poudarjajo, da Rupnikova krivda še ni zanesljivo dokazana. Poleg tega je treba razlikovati med umetnikovim življenjem in umetniško vrednostjo njegovih del.
Skupina redovnic iz skupnosti Loyola je Rupnika leta 2021 obtožila, da jih je v 90. letih prejšnjega stoletja spolno in psihično zlorabljal, zlasti v skupnosti v Ljubljani, v kateri je deloval in ki jo je Vatikan kasneje razpustil. Jezuitski red, iz katerega prihaja tudi nedavno preminuli papež Frančišek, je Rupnika junija 2023 izključil. Rupnik, ki ostaja duhovnik, obtožbe zanika.
Dikasterij za nauk vere v Vatikanu je po preiskavi odločil, da so obtožbe zastarale. Vendar ga je Frančišek oktobra 2023 zaprosil, naj znova preuči primer. Januarja letos je dikasterij zaključil preiskavo, predvidoma pa bodo Rupniku sodili na vatikanskem sodišču.
Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.