V spremstvu muslimanskih voditeljev je papež v mošejo vstopil kot romar. Omajdanova mošeja, v starem Rimu tempelj boga Jupitra, je bila namreč od propada rimskega imperija pa do arabske zasedbe Damaska leta 636 krščanska cerkev, posvečena Janezu Krstniku. Mošeja je zato še danes priljubljen romarski kraj kristjanov.
Papežev zgodovinski obisk mošeje ni minil brez zapletov. Načrtovana skupna molitev kristjanov in muslimanov je bila zadnji hip odpovedana, domnevno zaradi strahu, da bi skupen obred v mošeji prizadel verska čustva muslimanov. Zato pa se je dopoldanske maše na osrednjem stadionu, ki je med drugim potekala tudi v arabščini, udeležilo okoli 40.000 vernikov, med njimi tudi pravoslavcev, iz Sirije, Egipta, Jordanije in Libanona. Papež je vse kristjane, muslimane in pripadnike židovske vere z Bližnjega vzhoda vnovič pozval, naj si skupaj prizadevajo za mir.