Ministrstvo v odgovoru poudarja, da so se ravno ob preučevanju Fidesovega predloga sprememb in dopolnitev kolektivne pogodbe odločili pripraviti besedilo nove kolektivne pogodbe. Vanj so že vključili tiste predloge Fidesa, ki so bili za delodajalsko stran v celoti sprejemljivi. O ostalih predlogih Fidesa pa bi se enakovredno pogajali. Po mnenju ministrstva bi v postopku pogajanj morala pogajalska skupina delojemalcev izboljšati tiste predloge delodajalcev, s katerimi se ne strinjajo in jih ocenjujejo kot slabe za zdravnike.
Ministrstvo tudi ne nasprotuje ugotovitvi Fidesa, da so v predlogu nove kolektivne pogodbe predlagali spremembe v manj kot četrtini besedila stare kolektivne pogodbe. Poudarja pa, da je potrebno te spremembe razumeti kot prispevek delodajalske strani k usmeritvi pogajanj k bistvenim vsebinam kolektivne pogodbe in k čim hitrejši sklenitvi nove kolektivne pogodbe.