Namen protokola je preprečiti zlorabo tehnik kloniranja pri ljudeh in prepoveduje "vsakršne posege z namenom ustvariti človeško bitje, ki bi bilo genetsko enako drugemu človeškemu bitju, živemu ali mrtvemu". Protokol tako ščiti identiteto človeškega bitja.
Kloniranje celic in tkiv v znanstvene namene pokriva tri področja: kloniranje celic kot tehnike, uporabo embrionskih celic v tehnikah kloniranja in kloniranje človeških bitij. Prvo področje etično ni sporno, drugo bi morali preučiti v protokolu o zaščiti embrijev, protokol, ki danes stopa v veljavo, pa ureja tretje področje.
Protokol podpisnicam dovoljuje, da v skladu z nacionalno zakonodajo opredelijo pojem človeškega bitja, še pojasnjujejo v sporočilu SE.
