Omenjene računovodske izkaze sestavljajo izkaz stanja na dan 31. december 1999 in izkaz uspeha za leto 1999. Kot je v obrazložitvi pojasnilo računsko sodišče, je sklad s sedežem v Krškem nepravilno izkazoval vrednost naložb v obveznice, zato so v izkazu uspeha previsoko izkazani odhodki od financiranja v znesku 16,25 milijona tolarjev in v istem znesku prihodki od financiranja. Zaradi izkazovanja natečenih obresti od finančnih naložb v obveznice med terjatvami iz poslovanja so v bilanci stanja za 27,9 milijona tolarjev prenizko izkazane finančne naložbe v obveznice ter za enak znesek previsoko izkazane kratkoročne terjatve iz poslovanja.
Sklad v izkazu uspeha izkazuje za 331,99 milijona tolarjev previsoke izredne prihodke iz naslova poravnave terjatev iz prejšnjih let, ker se v omenjenem znesku terjatev nanašajo na hrvaški del prevzete električne energije in niso bile poravnane. V istem znesku so previsoko izkazani odhodki iz naslova ponovno oblikovanih popravkov vrednosti.
Računsko sodišče, ki mora skladno z zakonom najmanj enkrat letno revidirati računovodske izkaze pri skladih, ki jih je ustanovila država, je mnenje s pridržkom izreklo tudi na računovodske izkaze sklada za financiranje razgradnje krške nuklearke za leto 1998, in sicer zaradi negotovosti v zvezi s poplačilom zapadlih terjatev v višini 2,066 milijarde tolarjev. V računovodskih usmeritvah je zapisalo, da sklad nima pravilnika o računovodstvu, pravilnika o popisu osnovnih sredstev, terjatev in obveznosti, s katerimi bi podrobneje opredelil svoje računovodske usmeritve.
