Podobnik je ob tem opozoril, da je vseeno potrebno upoštevati predloge Združene liste socialnih demokratov, ki dvomi v korektnost omenjenega člena vatikanskega sporazuma. V SLS+SKD zato predlagajo, da liberalna demokracija, združena lista, stranka upokojencev in združena SLS+SKD še pred vladnim odločanjem dosežejo konsenz o predlogu sporazuma.
Vodja poslanske skupine Slovenske nacionalne stranke (SNS) Zmago Jelinčič pa je dejal, da bo Rimskokatoliški cerkvi z vatikanskim sporazumom omogočeno, da bo postala podjetje, ki bo v skladu z nekaterimi členi tega sporazuma lahko poslovalo brez obdavčitev. Kot je povedal, so v SNS pridobili besedilo sporazuma, ki ga je Liberalna demokracija Slovenije sicer kot strogo tajno gradivo posredovala koalicijskim partnericam.
Za poslansko skupino SNS je sporen drugi člen, s katerim RS priznava pravno osebnost Katoliške cerkve. Po Jelinčičevih besedah to namreč pomeni, da lahko Cerkev oz. njene pravne osebe kasneje registrirajo kakršnokoli pridobitveno, uslužnostno ali proizvodno dejavnost. Trinajsti člen, po katerem so dobrodelne in socialne cerkvene ustanove ter organizacije, ki se ukvarjajo z dobrodelnostjo in družbeno solidarnostjo, glede olajšav, pomoči in drugih spodbujevalnih ukrepov izenačene z drugimi podobnimi dobrodelnimi organizacijami v državi, pa bo Rimskokatoliški cerkvi omogočil poslovanje brez obdavčitev, je opozoril Jelinčič.
V SNS se tudi sprašujejo, zakaj je takšen sporazum sploh potreben, glede na to, da je že v ustavi določeno, da so država in verske skupnosti ločene in je delovanje slednjih svobodno.
