SNS je prepričana, da sporazum ne upošteva ustavnega načela, da se ratificirane in objavljene mednarodne pogodbe pri uveljavljanju pravic in obveznosti državljanov uporabljajo neposredno. Pravice obmejnega prebivalstva bi se namreč določale pozneje oziroma s sklepi mešane komisije. Kot dokaz nejasnosti so v SNS postavili vprašanje, kdo bo izdajal maloobmejne prepustnice prebivalcem zaselkov Bužini, Škodelin in Škrile na spornem območju, ki so po navedbah slovenske vlade na slovenskem, po navedbah hrvaške vlade pa na hrvaškem ozemlju.
V SNS tudi menijo, da bo sporazum Hrvaški dopuščal možnost poseganja na slovensko ozemlje, kar Hrvaška izvaja že od leta 1954 naprej, še posebej pa po letu 1991. SNS v zahtevi ustavnemu sodišču še piše, da se sporazum dotika meje na morju, ki je bila tako kot ostale medrepubliške meje določena administrativno in prepuščena v dogovarjanje le nekaterim iz takrat vladajoče komunistične partije, zato je vprašljiva koristnost sklenitve sporazuma z vidika nacionalnih interesov Slovenije.
