Chovanec, po rodu sicer Slovak, je češko izbrano vrsto prevzel leta 1998 in se z njo uvrstil na evropsko prvenstvo leta 2000. V času svojega delovanja na trenerski klopi Češke je bil pogosto deležen kritik medijev, češ da iz odličnih posameznikov, kot sta Tomas Rosicky in Pavel Nedved, ni znal sestaviti tudi močno, kompaktno ekipo. Češka reprezentanca je pod vodstvom 41-letnega Chovaneca v 45 tekmah zabeležila 27 zmag in 11 porazov.
Češka je v obeh tekmah dodatnih kvalifikacij za nastop na SP izgubila proti Belgiji z 0:1. Za njegovega naslednika se na Češkem največkrat omenjata imeni trenerja reprezentance do 21 let, Karla Bruecknerja, ter stratega prvoligaša Banika iz Ostrave, Jozefa Jarabinskega.
