Dirkač Honde je do najboljšega štartnega položaja prišel zaradi sijajno odpeljanega zadnjega kroga, ko je tudi postavil najboljši čas kvalifikacij na dirkališču v Sepangu. Za njim sta se zvrstila moštvena kolega Yamahe, Italijan Valentino Rossi in Španec Jorge Lorenzo. Četrti je bil Američan Nicky Hayden, peti Colin Edwards, šesti pa Andrea Dovizioso. Lanskoletni svetovni prvak Avstralec Casey Stoner je kvalifikacije pred jutrišnjo dirko končal na sedmem mestu, tik pred italijanskim veteranom Lorisom Capirossijem.
Izidi:
1. Dani Pedrosa Honda (B) 2:01.548
2. Valentino Rossi Yamaha (B) 2:01.957 + 0.409
3. Jorge Lorenzo Yamaha (M) 2:02.171 + 0.623
4. Nicky Hayden Honda (M) 2:02.192 + 0.644
5. Colin Edwards Yamaha (M) 2:02.245 + 0.697
6. Andrea Dovizioso Honda (M) 2:02.836 + 1.288
7. Casey Stoner Ducati (B) 2:02.953 + 1.405
8. Loris Capirossi Suzuki (B) 2:03.078 + 1.530
9. Randy de Puniet Honda (M) 2:03.110 + 1.562
10. John Hopkins Kawasaki (B) 2:03.184 + 1.636
11. Chris Vermeulen Suzuki (B) 2:03.271 + 1.723
12. James Toseland Yamaha (M) 2:03.282 + 1.734
13. Anthony West Kawasaki (B) 2:02.392 + 1.844
14. Marco Melandri Ducati (B) 2:03.835 + 2.287
15. Shinya Nakano Honda (B) 2:04.001 + 2.453
16. Sylvain Guintoli Ducati (B) 2:04.378 + 2.830
17. Alex de Angelis Honda (B) 2:04.679 + 3.131
18. Nobuatsu Aoki Suzuki (B) 2:04.835 + 3.287
19. Toni Elias Ducati (B) 2:05.120 + 3.572
Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.