V nasprotju s kolegi v najšibkejšem razredu, ki so kvalifikacije začeli v dežju, se je nebo kolikor toliko usmililo predstavnikov kraljevega razreda, ki so imeli sicer mokro stezo, a jih ni neusmiljeno močil dež tako kot dirkače v moto3. Steza je postajala vse bolj suha, a ne dovolj za uporabo suhih gum. Na zadnjem prostem treningu je prvi čas kar nekaj časa držal Britanec Cal Crutchlow, v zadnjem delu pa so se dirkači izmenjevali v vodstvu, vse do zadnjih trenutkov, ko je bil najhitrejši novi stari prvak Španec Marc Marquez. A to je bilo šele ogrevanje pred kvalifikacijami.
V počasnejši kvalifikacijski skupini so dirkači vsi po vrsti uporabljali specialne gume za dež, saj je bila steza na nekaterih mestih še zelo mokra. Še pred novim deževjem sta se v tej skupini najbolj izkazala Crutchlow in Francoz Loris Baz, ki sta se tako uvrstila v hitrejšo kvalifikacijsko skupino. Porajalo pa se je vprašanje, kaj bo nov naliv prinesel "prvokategornikom". Tako kot pred tednom dni v Avstraliji je tudi v Maleziji kvalifikacije krojilo vreme. Tudi najhitrejši možje kraljevega razreda so se na dirkališče v petnajstminutnih kvalifikacijah podali s pnevmatikami za mokro stezo, za vsak primer pa so imele ekipe v garažah pripravljene motocikle za suho vreme.
Čeprav so v najšibkejšem razredu začeli kvalifikacijske kroge kljub napovedi močnega deževja, ki naj bi spremljal predzadnji dan dirkaškega vikenda v Sepangu, pa so izredno slabe razmere le pognale dirkače v moto3 v garaže. Dirkači so odpeljali nekaj krogov, potem pa je bilo na stezi enostavno preveč vode, ki se je kopičila na novem asfaltu in bi povzročala večjo nevarnost za tekmovalce. V takšnih razmerah je najhitrejši krog odpeljal Španec Jorge Navarro, drugi in tretji čas v uvodnih nekaj krogih kvalifikacij pa sta imela Italijana Lorenzo Dalla Porta in Niccolo Antonelli.
Močan naliv ni pojenjal, spremljala ga je tudi slabša vidljivost na stezi, in prav nič ni kazalo, da se bodo dirkači najšibkejšega razreda kmalu podali na stezo. Po dvajsetminutnem prisilnem odmoru so se dirkači spet spravili na (mokro) stezo. Voda na novem asfaltu odteka dlje časa, zato so bile razmere še naprej zelo zahtevne. Kljub temu je Italijan Francesco Bagnaia takoj odpeljal hitri krog, a je prav v zadnjem krogu Južnoafričan Brad Binder stvari postavil na glavo, odpeljal najhitreje od vseh in dobil kvalifikacije najšibkejšega razreda.
Zarco najhitrejši v moto2
Zadnji so kvalifikacije opravili dirkači razreda moto2 in imeli so najboljše pogoje od vseh treh razredov. Prvi startni položaj si je privozil Francoz Johan Zarco, vodilni dirkač na lestvici točkovanja v tem razredu, drugi je bil Italijan Franco Morbidelli, zadnji v prvi startni vrsti pa je bil Španec Axel Pons. Iz druge vrste bodo v nedeljo startali Nemec Jonas Folger, Švicar Thomas Lüthi in Italijan Lorenzo Baldassari.
Izidi:
motoGP:
1. Andrea DOVIZIOSO ITA Ducati Team Ducati 295.4 2'11.485
2. Valentino ROSSI ITA Movistar Yamaha MotoGP Yamaha 296.5 2'11.731 0.246 / 0.246
3. Jorge LORENZO ŠPA Movistar Yamaha MotoGP Yamaha 303.2 2'11.787 0.302 / 0.056
4. Marc MARQUEZ ŠPA Repsol Honda Team Honda 302.7 2'11.874 0.389 / 0.087
5. Cal CRUTCHLOW VB LCR Honda Honda 304.3 2'12.558 1.073 / 0.684
6. Andrea IANNONE ITA Ducati Team Ducati 282.4 2'12.598 1.113 / 0.040
7. Aleix ESPARGARO ŠPA Team SUZUKI ECSTAR Suzuki 303.4 2'12.869 1.384 / 0.271
8. Maverick VIÑALES ŠPA Team SUZUKI ECSTAR Suzuki 295.5 2'12.981 1.496 / 0.112
9. Alvaro BAUTISTA ŠPA Aprilia Racing Team Gresini Aprilia 294.1 2'13.325 1.840 / 0.344
10. Loris BAZ FRA Avintia Racing Ducati 294.9 2'13.452 1.967 / 0.127
moto3:
1. Brad BINDER JAR Red Bull KTM Ajo KTM 218.4 2'26.268
2. Jorge NAVARRO ŠPA Estrella Galicia 0,0 Honda 214.4 2'26.361 0.093 / 0.093
3. Francesco BAGNAIA ITA Pull & Bear Aspar Mahindra Team Mahindra 210.8 2'26.395 0.127 / 0.034
4. Lorenzo DALLA PORTA ITA SKY Racing Team VR46 KTM 216.6 2'27.078 0.810 / 0.683
5. Gabriel RODRIGO ARG RBA Racing Team KTM 220.5 2'27.307 1.039 / 0.229
6. Niccolo ANTONELLI ITA Ongetta-Rivacold Honda 217.6 2'27.355 1.087 / 0.048
7. Bo BENDSNEYDER NIZ Red Bull KTM Ajo KTM 214.8 2'27.604 1.336 / 0.249
8. Jorge MARTIN ŠPA Pull & Bear Aspar Mahindra Team Mahindra 210.8 2'27.642 1.374 / 0.038
9. Fabio QUARTARARO FRA Leopard Racing KTM 217.1 2'27.661 1.393 / 0.019
10. Aron CANET ŠPA Estrella Galicia 0,0 Honda 216.6 2'27.924 1.656 / 0.263
moto2:
1 5 Johann ZARCO FRA Ajo Motorsport Kalex 261.7 2'18.621
2 21 Franco MORBIDELLI ITA Estrella Galicia 0,0 Marc VDS Kalex 260.3 2'20.755 2.134 / 2.134
3 49 Axel PONS SPA AGR Team Kalex 262.9 2'21.383 2.762 / 0.628
4 94 Jonas FOLGER GER Dynavolt Intact GP Kalex 258.8 2'21.559 2.938 / 0.176
5 12 Thomas LUTHI SWI Garage Plus Interwetten Kalex 259.8 2'21.775 3.154 / 0.216
6 7 Lorenzo BALDASSARRI ITA Forward Team Kalex 258.0 2'21.836 3.215 / 0.061
7 19 Xavier SIMEON BEL QMMF Racing Team Speed Up 255.6 2'21.941 3.320 / 0.105
8 54 Mattia PASINI ITA Italtrans Racing Team Kalex 256.4 2'22.029 3.408 / 0.088
9 87 Remy GARDNER AUS Tasca Racing Scuderia Moto2 Kalex 256.2 2'22.070 3.449 / 0.041
10 24 Simone CORSI ITA Speed Up Racing Speed Up 256.7 2'22.107 3.486 / 0.037
Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.