Joao Pinto je za portugalsko reprezentanco zbral 81 nastopov, nazadnje pa je za državno izbrano vrsto nastopil leta 2002.
Pinto je bil tudi član zlate generacije, ki je v letih 1989 in 1991 osvojila naslov svetovnih prvakov v mlajših kategorijah. Skupaj z Luisom Figom, Pauleto, Ruijem Costo in Fernandom Coutom je Pinto vrsto let tvoril okostje portugalske izbrane vrste in ko je oznanil svoje slovo, se je najprej spomnil prav njih. "Rad bi se zahvalil nogometu, v prvi vrsti pa soigralcem, s katerimi sem delil najlepše trenutke v svojem življenju," je dejal Pinto.
"Kmalu mi bo 37 let in lahko rečem, da čedalje težje prenašam fizične in psihične napore. Začutil sem, da je prišel čas, ko je treba reči zbogom," je še dejal Pinto, ki je v svoji karieri največ let preživel pri Benfici in lizbonskem Sportingu, s katerim je osvojil tudi naslova državnega prvaka v letih 1994 in 2002, medtem ko je nazadnje igral za Sporting iz Brage.
Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.