V bavarski prestolnici – pravico je delila slovenska sodniška naveza na čelu s Slavkom Vinčičem – je Bayern hitro pokazal, da želi izničiti zaostanek. Imel je izrazito terensko premoč in lepše priložnosti, toda Villarreal je še enkrat pokazal, da ima zelo trdno obrambo. V napadu Bayerna je bil najbolj aktiven mladi Jamal Musiala, ki je imel dve lepi priložnosti, a se je izkazal vratar Geronimo Rulli. 

Ta je bil na mestu tudi v 29. minuti, ko je po podaji Leona Goretzke spet poskusil Musiala z glavo. Gostje pa so imeli prvo in tudi že nevarno akcijo v 35. minuti, a je po prodoru Danjume dobro posredoval vratar Manuel Neuer. Drugi polčas je bil druga zgodba. Bayern je še bolj silovito napadel, imel takoj nekaj lepih priložnosti, toda zadel šele po napaki in izgubljeni žogi Špancev, ko je Thomas Müller dobro zaposlil prvega zvezdnika svoje ekipe, Robert Lewandowski pa je natančno zadel za skupno izenačenje izida. Sledilo je obdobje premoči domačih, a brez konkretnih končnih rešitev. Ko se je že zdelo, da bo šel dvoboj v podaljšek, pa so s hitrim protinapadom udarili gostje. Samuel Chukwueze, ki je le nekaj minut prej vstopil v igro, je z natančnim strelom v 88. minuti poskrbel za 1:1 in šok na Allianz Areni. Bayernu je zmanjkalo časa za odgovor in Villarreal je presenetljivo postal prvi polfinalist. "Če bi vzeli v obzir zgolj povratno tekmo, potem bi morali gladko napredovati, a v nogometu ni nič gotovega in vnaprej dogovorjenega. Nasprotnik se je krčevito branil in ubranil ter srečno zadel. To je vsa filozofija. Drugo pa je, da smo zelo razočarani in jezni hkrati. Med štiri ne napreduje boljše moštvo," je za Bild prepričan Thomas Müller, ki je imel podobno kot njegovi soigralci kopico priložnosti za gol, a zadel je zgolj Robert Lewandowski, kar je bilo premalo. Bayern je tako še drugič zapored izpadel v četrtfinalu. Lani je bil zanj usoden PSG.

Če je bilo v taboru bavarskega ponosa komorno vzdušje po (nepričakovanem) in še kako bolečem izpadu, pa je bilo v taboru rumene podmornice prešerno razpoloženje. Kako tudi ne, Villarreal se je drugič uvrstil v polfinale LP. "Zelo smo srečni. To je zame eden lepših dni v življenju, gotovo pa najlepši v nogometni karieri. Takoj ko smo na žrebu izvlekli Bayern, smo začeli verjeti v napredovanje. Tega ne govorim kar tako. Zares smo verjeli, da lahko preskočimo Bavarce. Tekmi sta se odvijali točno tako, kot smo se pripravljali in napovedovali. Vsa čast trenerskemu štabu, ki nas je odlično taktično pripravil, Bayern nas v ničemer ni presenetil. Seveda moraš imeti v tej fazi tekmovanja in ob takem vložku tudi nekaj sreče, a mi smo jo zaslužili," je sijal od sreče v pogovoru za AS Gerard Moreno. Podobno vzhičen in evforičen je bil njegov soigralec, nekdanji član Reala in Napolija Raul Albiol. "Za takšen podvig je bilo potrebno veliko ekipnega odrekanja. Delovali smo homogeno in trdno, ves čas verjeli v to, kar delamo in bili na koncu nagrajeni. Trpeli smo, a vedeli smo, da ne bo lahko v bavarski prestolnici. Tu nikoli ni lahko. Sedaj je vse skupaj lepše, ker smo se med štiri uvrstili po zares veliki bitki. Vsi smo zaslužni za preboj v polfinale, še posebej pa bi izpostavil našega trenerja Unaija Emeryja s pomočniki, ki nas je odlično pripravil na dvoboj z Bayernom." Unai Emery je bil, podobno kot njegovi varovanci, po zmagoslavju v bavarski prestolnici "pijan od slave". "V nogometu na tem nivoju ni nič podarjenega, samoumevnega. Za preboj v polfinale je treba izločiti veliko favoritov. Že v osmini finala smo proti Juventusu pokazali veliko samozavesti. Tudi v polfinalu bomo morali izkoristiti vse priložnosti, ki se nam bodo ponudile. Čeprav smo med štirimi, se tu ne mislimo zaustaviti. Neumno bi bilo ne izkoristiti priložnosti, saj nisi vsak dan v polfinalu lige prvakov."