Aktualni svetovni prvak v najmočnejšem razredu MotoGP je premagal rojaka Maxa Biaggija (Honda) ter domačina Toruja Ukavo (Honda). V razredu do 250 ccm je bil najhitrejši Japonec Hiroši Aojama (Honda), v najšibkejšem razredu do 125 ccm pa predstavnik San Marina Alex De Angelis (Aprilla). Drugi del kvalifikacij bo v soboto, štart velike nagrade Japonske pa v nedeljo.
Sicer pa je že jutranji prosti trening zaznamoval hud padec Italijana Marca Melandrija (Yamaha), aktualnega svetovnega prvaka v razredu do 250 ccm, ki v tej sezoni vozi v najmočnejšem razredu MotoGP. Melandri je v 29. minuti treninga izgubil nadzor nad motociklom ter v zahtevnem desnem zavoju zdrsnil pri hitrosti 170 kilometrov na uro. Pri padcu si je poškodoval desno nogo, zaradi česar so ga s helikopterjem prepeljali v bolnišnico v Jokaiči.