V boju za prvaka bodo tekmovali klubi uvrščeni od 1. do 6. mesta na lestvici, v boju za obstanek pa klubi uvrščeni od 7. do 12. mesta. Klubi bodo nato v obeh ligah šesterice odigrali še po deset krogov ter tako zaokrožili nogometno sezono 2003/2004.
Direktor Združenja 1. SNL Branko Florjanič je povedal, da je poleg spremembe sistema združenje sicer predlagalo tudi zmanjšanje števila klubov v prvoligaški konkurenci, česar pa IO NZS zaenkrat ni sprejel.
