Potem ko so v drugem krogu kvalifikacij izpadli slovenski prvaki, nogometaši Maribor Pivovarna Laško, so v igri ostali le posamezniki, ki pa so imeli pri premagovanju zadnje ovire spremenljiv uspeh. Belgijski Club Brugge, je po 120 minutah pri Borussiji v Dortmundu izgubljal z 1:2, se pravi z enakim izidom, kot je zmagal na prvi tekmi, tako da so o udeležencu lige odločale enajstmetrovke. Belgijci so imeli več sreče in zbranosti, zmagali so s 4:2, med strelce z bele točke pa se je vpisal tudi slovenski reprezentant.
Manj uspešna sta bila Zlatko Zahovič z Benfico in Boštjan Cesar z zagrebškim Dinamom. Njuna kluba sta izpadla, saj sta neuspešno lovila zaostanek 1:3 s prve tekme. Benfica, ki je Lazio gostila v Portu, je izgubila z 0:1, v dvoboju zagrebškega in kijevskega Dinamo pa so bili z 0:2 boljši Ukrajinci. Zahovič je igral do 33. minute, Cesar pa ni stopil na igrišče. Sicer pa so za največje presenečenje poskrbeli igralci beograjskega Partizana, ki so po zaostanku 0:1 iz Beograda z istim izidom zmagali v Newcastlu, nato pa še uspešno izvajali enajstmetrovke in se uvrstili med najboljše evropske klube. To je uspelo tudi AEK-u, Olimpiqueu iz Marseilla, Celti, Galatasarayu, Ajaxu, Glasgow Rangersom, Celticu, moskovski Lokomotivi in že v torek Anderlechtu, Chelseaju, Sparti in Deportivu.
Čeh se je v ligo prvakov uvrstil že drugič zapored, za letos lahko rečemo zelo presenetljivo, saj je bil njihov nasprotnik v tretjem krogu kvalifikacij ugledna Borussia iz Dortmunda. Nemci so v Belgiji iztržili dokaj ugoden izid (1:2) in ko so v tretji minuti povratnega dvoboja prek Brazilca Amorosa povedli, nihče na stadionu ni pomislil, da bi lahko izpadli. Toda Andres Mendoza je v 27. minuti uspešno izvedel prosti strel, izid izenačil in Nemce je zajela panika. Štiri minute je drugi Brazilec v nemškem moštvu Ewerthon priboril podaljšek, v katerem je imela Borussia nekaj lepih priložnosti, vendar se nekdanji vratar zagrebškega Dinama Tomo Butina, sicer krivec za prvi gol Nemcev, ni dal premagati. Hrvat je bil tudi junak enajstmetrovk, saj je z bele točke prejel le dva zadetka.
Zahovičeva Benfica in Cesarjev zagrebški Dinamo sta bila daleč od uspeha. Lizbonski klub, ki je zaradi prenove svojega stadiona Lazio gostil na igrišču Boaviste v Portu, je šok doživel že v 28. minuti, ko je v polno zadel brazilski branilec Cesar. To je bil tudi edini zadetek na tekmi, ki je Italijanom več kot zadostoval za napredovanje. "Slovenski" Cesar pa priložnosti za zadetek ni dobil, saj je poraz svojega Dinama spremljal s klopi. Videl je slabo igro svojega moštva in zasluženo zmago kijevskega Dinama, za katerega sta zadetka dosegla Maksim Šacki in Diego Rincon.
Pri Partizanu slavijo zgodovinsko zmago. Prvič (nasploh prvi srbski klub) so se namreč uvrstili v ligo prvakov, pri tem pa so izločili favorizirani Newcastle. Moštvo Lotharja Matthaeusa je že v Beogradu nadigralo Newcastle, a ni doseglo zadetka, to pa jim je uspelo na gostovanju. Strelec zgodovinskega gola je bil hitri Ivica Iliev. To sicer še ni bilo dovolj za veselje, saj so bili po rednem delu in podaljšku na vrsti enajstmetrovke, v "loteriji" pa so imeli prvaki Srbije in Črne Gore več sreče (4:3).
Presenetljivo veliko težav je imel lanski četrtfinalist Ajax. Potem ko je proti GAK-u v Gradcu igral 1:1, je bil po rednem delu isti izid tudi v Amsterdamu. Nizozemce je v vodstvo popeljal Zlatan Ibrahimovič, Roland Kollmann je izid izenačil, minuto pred koncem prvega podaljška pa je "srebrni" zadetek za Ajax iz najstrožje kazni dosegel Čeh Tomas Galasek.
Enajstmetrovka je odločila tudi zmagovalca dvoboja med moskovsko Lokomotivo in Šahtjorjem iz Donecka. Ukrajinci so z 1:0 dobili prvo tekmo, v Moskvi pa držali ugoden izid vse do 86. minute. Takrat je sodnik po prekršku nad ruskim reprezentantom Dimitrijem Hohlovom pokazal na belo točko, s katere je končni izid 3:1 postavil Sergej Ignaševič.
