Usmerjanje sonde po vseh treh oseh mora potekati z odklonom največ dve stopinji v eno ali drugo smer. Če je odklon večji, računalnik vključi motorje. Toda zdaj počne to po nepotrebnem. Težave z računalnikom na tirnico in hitrost poleta ne vplivajo, a povzročajo porabo dragocenega goriva. Stardust je imel ob izstrelitvi pred dvema letoma maso 385 kilogramov, od česar je 85 kilogramov odpadlo na gorivo.
Odprava bo še dolga, ker se mora Stardust po srečanju s kometom vrniti k Zemlji in predvidoma 15. januarja 2006 med letom mimo nje odvreči kapsulo z zbranimi vzorci. Kapsula bo pristala s padalom. Strokovnjaki upajo, da bodo težave z računalnikom kmalu odpravili.
Sonda leti po dolgi poti dvakrat okoli Sonca in nato h kometu, s katerim se bo na razdalji vsega 150 kilometrov srečala predvidoma 2. januarja 2004, ko bo Zemlja skoraj 390 milijonov kilometrov daleč. Stardust bo zbral delce, ki letijo blizu jedra kometa in komet tudi fotografiral. Ena od nalog sonde je tudi zbiranje vzorcev medzvezdnega prahu. Te snovi sestavljajo nekdanja zrna starejša od Osončja in ostanki, ki so preživeli oblikovanje Osončja. Sonda bo sestavo delcev kometa in medzvezdnega prahu analizirala z masnim spektrometrom trkov.
