Vest o njegovi smrti je prišla v javnost šele po novem letu. Leteči cirkus Montyja Pythona je v produkciji BBC-ja nastajal med leti 1969 in 1974. V nekrologu v časopisu The Guardian je član skupine Monty Python Terry Jones zapisal, da je sprva med MacNaughtonom in odločnimi igralci prišlo do nekaterih trenj, ki pa so jih kmalu presegli. Komična igralska skupina se je v svojih serijah skozi angleški humor lotevala takrat prerečih tem, kot so seks, rasizem, politika in droge. Režiser, ki ni sodeloval le pri prvih štirih serijah, ima velike zasluge pri vodenju samovoljnih igralcev in pri obrambi serije pred skeptičnimi izvršnimi producenti BBC-ja.
"Subverzivnost in pridih anarhije sta bila v sozvočju z njegovo škotsko norostjo. Užival je v tem, da delamo nekaj novega," je za časopis The Times dejal igralec Michael Palin. MacNaughton je leta 1971 režiral tudi prvi pythonovski film And Now For Something Completely Different, med leti 1971 in 1972 pa še nemško verzijo serij Monty Pythons's Fliegender Zirkus. Zadnja leta je MacNaughton preživel v Nemčiji, deželi njegove druge žene. Za nemško televizijo je režiral popularno angleško serijo Follow me!, sodeloval pa je tudi pri mnogih gledaliških in opernih produkcijah širom sveta.
