Sporni sporazum ima štirinajst členov. V 1. členu sporazuma piše, da sta Republika Slovenija in Sveti sedež vsaka v svoji ureditvi avtonomna in neodvisna in da cerkev deluje svobodno v skladu s pravnim redom RS in kanonskim pravom. Člen je za ZLSD sporen v celoti, ker po njihovem mnenju podeljuje cerkvi poseben status. Od 2. do 6. člena je govora o organiziranosti Rimskokatoliške cerkve, o njeni pravni osebnosti, svobodi bogoslužja in vzpostavitvi cerkvenih struktur. 7. člen določa, da ima cerkev polno svobodo ustanavljanja medijev in ima pravico do vstopa do vseh drugih medijev. SNS se ob tem sprašuje, ali to pomeni, da so mediji dolžni objavljati sporočila RKC. V 8. členu piše, da lahko pravne osebe katoliške cerkve v skladu z zakonodajo ustanavljajo svoja združenja in fundacije, 9. člen pa določa njihove lastninske pravice. 10. člen, ki je bil predvsem za del LDS sporen zaradi določila, da se država in Sveti sedež pogajata o vseh odprtih vprašanjih vzgoje in izobraževanja, tega določila v sporazumu ni več, govori o tem, da ima cerkev pravico ustanavljati šole, država pa jih bo podpirala enako kot druge zasebne šole. 11. člen govori o vzdrževanju kulturnih spomenikov, 12. pa o pastoralni dejavnosti v bolnišnicah in zaporih. 13. člen govori o izenačitvi dobrodelnih organizacij, zadnji 14. člen, ki se zdi ZLSD prav tako sporen, pa govori o nameri, da si bosta Slovenija in Vatikan tudi v prihodnje prizadevala obravnavati vsa morebitna odprta vprašanja.
Cerkev svoj odnos do politike skuša razložiti tudi s knjižico Rehabilitirati politiko. Izjavo socialne komisije francoskih škofov so v slovenskem prevodu predstavili pri založbi Družina. Dokument je odgovor cerkve na nove izzive časa, zato se precej pozitivno opredeljuje tudi do združevanja Evrope in globalizacije.
