Osupljivi računalniško animirani anime nas popelje v temačno človeško prihodnost, ko so ljudje prisiljeni zapustiti Zemljo, oblast pa prevzame tiranska organizacija Gaia. Edino težavo predstavlja uporniški piratski kapitan Harlock, ki s predano posadko in hitro vesoljsko ladjo uspešno izvaja napade na vladne konvoje. Da bi ga ujeli, v njegovo posadko vtihotapijo vohuna, toda ko jim načrt spodleti, se odločijo za vsesplošni napad na Harlocka. Premeteni gusar se kljub majhnim možnostim za uspeh odloči sprejeti izziv in s posadko se pripravi na zadnjo odločilno bitko.
Kapitan Harlock je edini, ki stoji med gajsko skupnostjo in njenim končnim ciljem – popolno prevlado v galaksiji. Skrivnostni pirat v maščevanju nad tistimi, ki so človeštvu in njemu samemu storili krivico, kot duh pluje po vesolju in napada sovražnikove ladje.
Poveljnik gajske legije Isora pošlje svojega mlajšega brata Yamo kot vohuna na Harlockovo ladjo Arkadijo, toda Yama kmalu ugotovi, da ni vse tako, kot se zdi na prvi pogled in kakor govori oblast.
Harlock hoče z zvesto posadko razplesti vozle časa, da bi Zemljo vrnil v dobo, ko so na njej še vedno živeli ljudje. Piše se namreč leto 2977 in 500 milijard razseljenih ljudi se želi vrniti na planet, ki ga še vedno gledajo kot svoj dom.
Opozorilo: 297. členu Kazenskega zakonika je posameznik kazensko odgovoren za javno spodbujanje sovraštva, nasilja ali nestrpnosti.