Po neuradnih informacijah ameriških medijev naj bi bila vlada pripravljena umakniti obtožnico, ki ga bremeni 59 kaznivih dejanj, v zameno za Leejevo sodelovanje pri iskanju diskov, na katerih bi naj bili zaupni podatki o jedrski tehnologiji in priznanje krivde za nezakonito prisvajanje le-teh. V primeru, da se napovedi uresničijo, to pomeni, da je vlada posredno priznala, da Lee ni vohun.
Njegovi sorodniki, odvetniki in skoraj celotna ameriška znanstvena skupnost so bili vedno prepričani, da je nedolžen in da si ga je vlada izbrala kot grešnega kozla zaradi njegovega azijskega porekla. Wen Ho Lee je vedno priznaval, da je z varovanega računalnika nalagal podatke na diske in jih odnašal domov, vendar le zato, da je delo lahko nadaljeval doma. Najbolj obremenilno za Leeja je bilo pomanjkanje diskov, na katere je nalagal podatke. Sam je vedno trdil, da jih je po opravljenem delu uničil.
Wen Ho Lee je bil v skoraj popolni izolaciji zaprt devet mesecev in celo za zidovi zapora se je lahko gibal le okovan v verige. Do njegove aretacije je namreč prišlo sredi političnega viharja, ki je zavel po kongresnem poročilu o Kitajski, ki naj bi v dolgih letih s pomočjo vohunov kradla ameriške skrivnosti o jedrski tehnologiji, saj naj bi ji le tako uspelo posodobiti zaloge jedrskega orožja.
